他在担任南安军司理参军时，有一人犯了法，按照律法本不应处以死刑。但转达使王逵却想加重刑罚，判其死刑，同僚们都不敢有异议。只有周敦颐强烈反对，敢于和他据理力争，但是王逵还是不同意。周敦颐非常恼火，毅然要辞官，他说道：“这样的官怎么能当呢？通过杀人来向上司谄媚，我坚决不做这样的事情！”最终，他坚决的态度改变了王逵的做法，那名囚犯幸免于难。从这件事情中，可以看出周敦颐的人品非常正直，黄庭坚也称赞他：“人品甚高，胸怀洒落，如光风霁月”。
纵观周敦颐的政治生涯，其官阶并不显达，始终是地方官吏，如主簿、县令、州判官、知州军等。为官期间，周敦颐的工作重心就是负责司法工作，其政绩表现突出，在当时算是一位清官。正如他在《爱莲说》中写的：“出淤泥而不染，濯清涟而不妖。”
周敦颐一面做官，一面潜心于对儒家学说的研究和传授。可以说，他既是一名官员，又是一位出色的儒学大师。
他融合佛道两家的思想，糅合《周易》，初步建立了一套综合探讨宇宙本原、万物生成、人性、封建伦常等问题的理论体系，为日后博大精深的宋明理学的建立提供了核心骨架。他的著作《太极图说》和《易通》也成为理学的经典文献。