就研究系方面而言，梁启超等毕竟有自己的政治理念，“亦自有其怀抱，非能如一般官僚惟命是听”，不甘完全随段祺瑞等军人首领的政治步调起舞，“其所取政策，即系与现有势力相结合，意欲乘机而指导之、改造之，使成为我国之中坚力量，以求安定一时之社会秩序，并徐图发展。故彼之所谓结合，亦有其一定限度，与一味附和者不同，苟一旦越此限度，则彼即不能不顾及自己之立场而立与离异”。如研究系对皖系主持的“西原借款”即持反对态度，故段祺瑞与梁启超、皖系与研究系“彼此关系亦渐与从前不同”，“感情乃日趋疏隔”。结果，“选举本应归内务部主持，而新国会选举乃全由徐树铮等暗中操纵，内（政）汤（化龙）几不能过问；借款本应由财政部主管，而对日借款乃由曹汝霖辈秘密办理，财（政）梁（启超）几不得与闻。名为阁员，实则等于虚位，选举犹在其次，而借款则关系国脉，势不能无言，言而不听，势不得不求去。若辈乃更借此而指为有意拆台，段亦深信不疑，于是此一方则恶意慰留，而强使之分谤，而彼一方则力表不与合作，以求外间谅解。”至11月22日段祺瑞二次下野，研究系诸总长随之而去，从此结束了双方关系的短暂“蜜月期”，所谓“表面若相终始，而精神则早已分离矣”。及至1918年3月，段祺瑞三度复出组阁，舍研究系人而不用，在政治上着重运用以安福系为代表的政客集团，研究系此后基本失去了参加政府的机会。